判断真空输送系统工厂的方案设计是否合理，需要综合考虑以下几个方面：

1. 系统设计的可靠性：需要评估方案设计是否能够满足预期的运行要求，包括输送物料的稳定性、输送速度的控制、系统的耐用性等。可以通过对系统的结构、组件、控制系统等进行分析，评估其设计是否合理、可靠。

2. 安全性考虑：真空输送系统需要保证在运行过程中不会对人员和设备造成伤害。因此，方案设计是否考虑了安全措施，如防止物料泄漏、防止系统过载、防止输送管道堵塞等方面的设计，是判断其是否合理的重要因素之一。

3. 经济性评估：方案设计是否经济合理也是判断其合理性的重要指标。需要综合考虑系统的投资成本、运行维护成本以及预期的效益。对于同样的输送需求，要选择成本较低、效益较高的方案设计。

4. 环境友好性：在方案设计中是否考虑了环境保护因素，如噪音控制、能源消耗等。合理的设计应该尽量减少对环境的负面影响。

5. 技术可行性：方案设计是否符合现有的技术水平和工程实施能力，是否能够满足实际生产需求。需要评估设计方案中所使用的技术是否成熟、可行，并且是否能够得到有效的实施和维护。

综上所述，判断真空输送系统工厂的方案设计是否合理需要综合考虑可靠性、安全性、经济性、环境友好性以及技术可行性等多个方面的因素。只有在这些方面都得到合理考虑和满足的情况下，方案设计才能被认为是合理的。